Neurologisessa fysioterapiassa kuntoutetaan muun muassa aivoverenkiertohäiriöiden jälkitiloja, selkäydinvammaisia, reumaatikkoja, CP-vammaisia ja erilaisia lihastauteja, kuten MS ja ALS, tai Parkinsonin tautia sairastavia.
Neurologinen sairaus voi olla synnynnäinen tai se on voinut puhjeta lapsuudessa tai myöhemmin aikuisiällä. Vammautuminen onnettomuuksissa tai aivoverenkiertohäiriö voi aiheuttaa neurologisia oireita.
Joillakin asiakkailla fysioterapian tukena käytetään lymfaterapiaa.
Bobath-terapia on ehkä tunnetuin keksushermostovaurioiden kuntoutuksen lähestymistapa. Se tarkoittaa fysioterapiassa tapaa analysoida ja tulkita kuntoutujan liikkumiseen, toimintakykyyn ja kommunikointiin liittyviä kykyjä ja haasteita, jotka aiheutuvat neurologisesta sairaudesta tai vammasta. Lähestymistavalla ratkaistaan havaittuja pulmia sekä terapiatilanteessa että kuntoutujan sosiaalisessa ympäristössä.